Luego de la pésima actuación del combinado ecuatoriano en la Copa América 2004, donde acabaron últimos de su grupo con cero puntos, el «Bolillo» Gómez dejó de ser el entrenador de la Tri y Luis Fernando Suárez fue oficializado como nuevo DT el 31 de julio del 2004. Luis Fernando entonces tomó el mando de la selección bajo la responsabilidad de clasificar a la Tri al segundo Mundial de su historia y ubicándose en la plaza del repechaje a falta de once partidos. El 8 de junio, por la fecha 8 (6), la selección recibió al combinado de Perú en Quito, donde se llevaron una sorpresa al ser derrotados por el conjunto visitante. El 8 de octubre del 2000, Ecuador consiguió otro triunfo histórico, por la fecha 9 frente a la selección chilena por el marcador de 1-0. El conjunto mapochino nunca antes había perdido frente al combinado ecuatoriano; ni en tierras ecuatorianas, ni en territorio chileno; por eliminatorias sudamericanas. En septiembre de 2016, Ecuador siguió en mala racha. En noviembre de 2016, en la fecha 11 visitó en Montevideo a Uruguay cayendo 2-1 con goles de Sebastián Coates y Diego Rolán, para Ecuador descontó Felipe Caicedo. En la fecha 16, recibió en Quito a Perú, donde Ecuador sentenció prácticamente su eliminación, al caer por 1-2 con goles de Edison Flores y Paolo Hurtado, mientras que para los locales descontó Enner Valencia.
En la fecha 5, los ecuatorianos recibieron en Quito a Paraguay y empataron 2-2, para los ecuatorianos anotaron Enner Valencia y Ángel Mena, para los visitantes marcó por doblete Darío Lezcano. Las eliminatorias se reanudaron el 30 de marzo de 2004, con la fecha 5, donde la Tri visitaría Buenos Aires para enfrentarse a Argentina. En marzo de 2017 empezaría la recta final de las eliminatorias. El partido finalizó con una victoria ecuatoriana por 2-0 con goles de Carlos Tenorio, en el minuto 24, y Agustín Delgado en el minuto 80. Luego, en Hamburgo, se enfrentó con la selección de Costa Rica, donde ganó con un marcador de 3-0, con esa victoria Ecuador aseguraba su clasificación por primera vez a octavos de final de un Mundial de Fútbol. Debido al fracaso sufrido en la Copa América, Ecuador ocupó el último puesto de la clasificación de la FIFA, en condición de Conmebol, otorgándole el puesto de la peor selección sudamericana del 2019, y motivó a que la directiva de la FEF, encabezada por Francisco Egas, decidiera separar al Bolillo y a su cuerpo técnico. Iván Kaviedes, que en 1998 se convirtió en goleador mundial al marcar cuarenta y tres goles en cuarenta y cinco partidos, jugando para el Emelec, además de marcar el gol de la clasificación para el primer Mundial de Ecuador ante Uruguay en 2001. Otro jugador que también se destacó fue Alberto Spencer, quien es goleador histórico de la Copa Libertadores, y Álex Aguinaga, quien es considerado uno de los mejores futbolistas de la historia.
En los minutos iniciales de la primera etapa, Ecuador salió con todo a buscar su primer gol, pero luego de los diez minutos se comenzó a jugar en la media cancha con varias interrupciones, por la marca que emplearon los visitantes. Ante la última fecha de la primera vuelta venció de local ante Chile, sin embargo perdió de en su visita ante Venezuela. ↑ «Ecuador presenta su nómina de convocados para los amistosos ante Arabia Saudita y Japón». El 14 de noviembre se debe entregar la lista final de las selecciones al Mundial de Qatar y al día siguiente, camiseta de ecuador mundial 2022 FIFA publica la nómina oficial de los 32 países. La FIFA publicó una foto de la selección de Ecuador, preguntando a sus aficionados si reconocen a todos. Una vez que finalizó la tercera fecha, la selección tenía un gol a favor y once en contra, ocupando en el último lugar de la tabla general. Nuevamente, camiseta ecuador mundial 2022 el conjunto dirigido por el «Bolillo» Gómez lograría un resultado histórico ganando de visita por primera vez a la la Vinotinto por eliminatorias. En noviembre, llegaría la tercera jornada en donde visitaron a Paraguay en Asunción y caerían derrotados por 2-1. Los guaraníes se adelantaron en el marcador en el minuto 29 de la primera parte por intermedio del delantero Roque Santa Cruz, el gol del empate ecuatoriano llegó con un remate de Edison Méndez, en el minuto 59, sin embargo, José Cardozo, en el minuto 70, puso el tanto del triunfo local.
El dominio del local halló finalmente recompensa en el minuto 70 en un contragolpe. En junio del 2000, llegaría la tercera jornada para los ecuatorianos quienes visitaron a Paraguay en Asunción donde caerían 3-1 con goles de Delio Toledo en el minuto 10 y un doblete de Hugo Brizuela en el 42 y 63, mientras que la Tricolor descontó a través de Ariel Graziani en el minuto 87. La fecha 4 se disputó el 29 de junio, el cuadro dirigido por el «Bolillo» Gómez recibió a Perú. A partir de esto, aunque no estaba matemáticamente clasificado, Uruguay necesitaba de un milagro para clasificar directamente, esto no se dio y en la siguiente fecha a pesar de que la Tri cayó derrotada frente a Chile 2 por 1 clasificó gracias a una gran campaña de local, en este rubro Ecuador fue el mejor local de la eliminatoria con siete triunfos y un solo empate, en total veintidós puntos de los veinticinco que cosechó.